Thế kỷ XV, theo đường biển thông qua giao lưu buôn bán và thương mại, Hồi giáo đã bắt đầu đặt chân lên các quốc gia Đông Nam Á hải đảo - trong đó có Malaysia. Trải qua nhiều biến động thăng trầm của lịch sử, sau khi giành được độc lập, Hồi giáo đã được công nhận là tôn giáo chính thức của liên bang. Với khoảng hơn 50% số tín đồ, Hồi giáo đã có những ảnh hưởng sâu sắc trong đời sống văn hóa của người Malaysia.

Kể từ khi Hồi giáo bắt đầu tiến vào lãnh thổ bằng con đường giao lưu buôn bán trên eo biển Malacca thì cơ sở tôn giáo của đạo này cũng đã bắt đầu xuất hiện trên lãnh thổ Malaysia.

Theo Ghafar Ahmad, kiến trúc thánh đường ở Malaysia từ khi thánh đường đầu tiên được xây dựng cho đến nay có thể chia thành ba dạng tương ứng với những giai đoạn lịch sử cụ thể:

Từ khoảng thế kỷ XVIII, những thánh đường đầu tiên ở Malaysia được dựng lên và đặc điểm chung của kiến trúc trong giai đoạn này là không hề mô phỏng sao y theo phong cách kiến trúc truyền thống của nhà thờ Hồi giáo. Việc xây dựng thánh đường lúc này phụ thuộc nhiều vào điều kiện địa lý tự nhiên nắng nóng, mưa nhiều ở Malaysia.

Điểm đáng lưu ý của thánh đường trong giai đoạn này là được xây dựng lên để đối phó với điều kiện khí hậu nóng ẩm, mưa nhiều. Bộ mái được làm dạng dốc nghiêng để có thể thoát nước nhanh khi trời mưa, bộ khung thì được làm theo kiểu nhà sàn để tránh lụt. Cửa ra vào, cửa sổ thì được chạm khắc nhiều motif hoa lá, vừa thể hiện tài hoa của người thợ, vừa có tác dụng làm lỗ thông cho không khí khoảng trống để luồng vào dễ dàng. Những chất liệu chủ yếu được sử dụng thời kỳ này là những loại thực vật có sẵn từ thiên nhiên như gỗ, tre nứa, gạch, đá bằng đất sét nung...

Thời kỳ thuộc địa từ khoảng năm 1795 đến năm 1957, thánh đường ở Malaysia chủ yếu được được thiết kế bởi các kiến trúc sư và kỹ sư người Anh. Những hình ảnh quen thuộc của kiến trúc Hồi giáo dần xuất hiện như kiểu kiến trúc mái vòm củ hành, mái nhọn, tháp canh và những hàng cột... Chất liệu được sử dụng phổ biến là xi-măng, gạch với cấu trúc khung thép chịu lực. Thực tế, các kiến trúc sư thời kỳ này đã có sự trộn lẫn giữa phong cách Moorish và phong cách cổ điển của dòng bản địa, chẳng hạn như thánh đường Sultan Abu Bakar ở Johor Bahru. Hoặc kết hợp phong cách Baroque cổ điển với ảnh hưởng Moorish như thánh đường Jamek ở Muar, Johor. Nhìn chung, nét nổi bật trong nghệ thuật trang trí thời kỳ này là thể hiện những kiểu hoa văn hình học đơn giản, hình khối lập phương với bề mặt trơn phẳng.

Giai đoạn hiện đại trong khoảng từ năm 1958 đến nay kiến trúc thánh đường ngày càng tuân thủ chặt chẽ phong cách Hồi giáo, đồng thời những kỹ thuật công nghệ hiện đại cũng bắt đầu được các công trình sư tận dụng triệt để khi thiết kế xây dựng. Thánh đường ngày càng mở rộng diện tích ở sảnh cầu nguyện để đáp ứng chỗ ngồi cho số lượng tín đồ ngày càng đông. Những vật liệu hiện đại như bê-tông, gạch, thép, đá, cẩm thạch được ưa chuộng và kiểu thiết kế quen thuộc là hình dáng những mái vòm củ hành hay mái nhọn, tháp cao, trần cao.

Điểm đặc biệt của kiểu thánh đường hiện đại là nó thể hiện sự kết hợp chặt chẽ giữa công trình chính với các yếu tố ngoại cảnh xung quanh như khu vườn, hồ nước, những hàng cây, thảm thực vật, thiết kế ánh sáng... Hoặc kết hợp giữa phong cách của các thánh đường Hồi giáo ở Thổ Nhĩ Kỳ, Trung Đông... lại với nhau. Thánh đường ngày càng thể hiện những phẩm chất tối ưu của khoa học công nghệ chẳng hạn như National Mosque ở Kuala Lumpur ngoài diện tích rộng, xây dựng bằng bê-tông, đá cẩm thạch Ý với ngọn tháp cao 245 feet còn có thêm nhiều phòng chức năng khác như thư viện, văn phòng, phòng khách hoàng gia, nhà kho... và những hệ thống chiếu sáng, máy lạnh...

Từ những đặc điểm cơ bản của kiến trúc thánh đường Hồi giáo Malaysia qua các thời đại đã cho thấy quá trình hòa nhập, biến hóa dần dần của Hồi giáo nơi đây. Việc xây dựng thánh đường ngay từ buổi đầu tiên không hề cho thấy sự áp đặt của tôn giáo này đối với người bản xứ mà thể hiện sự tự chủ hoàn toàn của người dân khi theo tôn giáo này, và họ đã xây dựng những thánh đường Hồi giáo hoàn toàn theo phong cách riêng của mình để phù hợp với điều kiện tự nhiên, khí hậu nơi đây. Vì vậy có thể nói kiến trúc thánh đường ở Malaysia hoàn toàn không phải là sự rập khuôn của kiểu thánh đường truyền thống Hồi giáo ở Arab mà đã có những biến đổi theo từng giai đoạn cho phù hợp với người bản xứ và dần dần trở thành một bộ phận không thể tách rời trong nền văn hóa của họ.