Vụ ám sát
Không lâu trước 11h30 trưa, xe của Tổng thống từ từ tiến đến Kho sách giáo khoa Texas (tại Dealy Plaza), tới góc đường giữa đường Houston và đường Elm xe cua một góc 120 độ về phía bên trái vào đường Elm.
Xe của Kennedy, không lâu trước khi ông bị bắn
Khi xe vượt qua khỏi góc đường, có một vài tiếng súng nổ lên, nhằm vào xe của Kennedy trong một khoảng thời gian là từ 6 cho đến 24 giây. Xe của tổng thống giảm tốc độ từ 20 xuống còn 15 km/h trong khoảng thời gian các viên đạn được bắn đi.
Tổng thống bị thương ở lưng (nơi giáp với cổ) và ở phía sau đầu, bên phải. Vết thương thứ hai là vết thương chết người (do các bác sỹ xét nghiệm tử thi kết luận).
Sau khi viên đạn chết người được bắn ra, đặc viên mật vụ Clinton J. Hill lập tức rời chiếc xe chạy sau và nhảy lên cốp sau của xe tổng thống.
Mặc dù thống đốc bang Texas Connally cũng bị thương nghiêm trọng từ một trong những phát súng, ông này sau đã bình phục.
Tổng thống qua đời
Xe của tổng thống sau đó tăng tốc tiến tới bệnh viện Parkland, nơi ông này được đưa vào phòng cấp cứu số 1. Không lâu, 1 giờ 30 phút sau, sau khi các hoạt động tim của đã ngừng, ông được tuyên bố qua đời. "Chúng tôi chưa hề có niềm hy vọng cứu được ông ấy", một bác sỹ nói trước hoàn cảnh của Kennedy.
Phó tổng thống Lyndon B. Johnson nhậm chức Tổng thống ngay trên Air Force One, sau khi Kennedy qua đời
Khoảng sau 2 giờ chiều một lát, xác của Kennedy được chở về chuyên cơ Tổng thống Air Force One để về Washington, D.C.. (Điều này thực ra trái với luật bang Texas, vì hành động ám sát diễn ra tại Texas, và lúc bấy giờ ám sát Tổng thống được định nghĩa như giết người.)
Phó Tổng thống Lyndon Baines Johnson tuyên thệ nhậm chức Tổng thống trên Air Force One sau khi chiếc may bay rời phi trường Love Field, theo đúng hiến pháp Hoa Kỳ.
Lee Harvey Oswald, nghi phạm số một, bị bắt không lâu sau vụ ám sát, sau khi giết một cảnh sát. Oswald từ chối lời buộc tội ám sát tổng thống. Oswald bị Jack Ruby bắn 2 ngày sau đó.
[sửa]Điều tra
Ủy hội Warren (do tổng thống kế nhiệm Lyndon B. Johnson thành lập) kết luận là Lee Harvey Oswald, đơn phương, đã ám sát Kennedy.
1979, HSCA kết luận là Lee H. Oswald cùng với một tay súng nữa đã ám sát Ken.
[sửa]Các giả thuyết
Chú ý là dưới đây chỉ là các giả thuyết, chưa được chính thức công nhận.
Sau đây là các yếu tố, nhân vật, tổ chức, thế lực hay một phần của các yếu tố trên đã được nghi là đã có thể tiếp tay/tổ chức vụ ám sát Tổng thống John F. Kennedy:
Những người chống Fidel Castro
Có giả thuyết cho rằng thất bại của Kennedy trong việc hỗ trợ các người dân Cuba lưu đày chống Fidel Castro trong vụ Vịnh con Heo (lật đổ chính quyền cộng sản Castro ở Cuba) đã làm trở thành nguyên do trả thù cho các người này. Trong vụ Vịnh con Heo, Tổng thống Kennedy đã đỡ đầu cuộc lật đổ, tuy nhiên ông này rút không quân yểm trợ về và từ chối việc dùng quân lực Mỹ để giúp đỡ. Các người này trong thời điểm đó vẫn còn đang được CIA huấn luyện.
Chống việc tháo bỏ nạn phân biệt chủng tộ
Có giả thuyết cho rằng Kennedy và Martin Luther King, Jr. bị ám sát để làm chậm đi sự tiến bộ trong đấu tranh xã hội của người Mỹ gốc Phi (cả hai nhân vật đều ủng hộ sự bãi bỏ nạn phân biệt chủng tộc).
Cục tình báo trung ương
Là một thuyết tương đối nổi trội, có nhiều người cho rằng CIA cố gắng thủ tiêu Kennedy sau khi ông này muốn giảm quyền lực của cơ quan CIA.
Fidel Castro
Chung quy, quan hệ giữa Kennedy và Fidel Castro không hề tốt đẹp. Nên chú ý rằng đây là vào thời kỳ Chiến tranh Lạnh giữa hai hệ tư tưởng: Mỹ với chế độ tư bản và các nước xã hội chủ nghĩa với chế độ cộng sản.
Kennedy và CIA đều có nhiều kế hoạch nhằm lật đổ hay thủ tiêu chính quyền Fidel Castro, đáng để ý là cuộc xâm lược Vịnh con Heo do Mỹ đỡ đầu. Fidel cũng có lần công bố cảnh báo các vị lãnh đạo của Mỹ sẽ gặp nguy hiểm khi mưu toán tới việc giết ông này.
Fed
Fed (Cục Dự Trữ Liên Bang Mỹ) bị đe dọa mất nhiều quyền lực dưới thời Kennedy. (Ví dụ như Công lệnh 11110 được Kennedy ký.)
Vấn đề này cũng được nhiều người cho rằng các cuộc ám sát Tổng thống trước như Abraham Lincoln, James Garfield và William McKinley.
[sửa]Ngộ sát do mật vụ George Hickey
Trong quyển sách "Mortal Error", giả thuyết đưa lên rằng Lee Harvey Oswald đã có kế hoạch ám sát Kennedy, và cũng đã làm ông này bị thương bằng (những) phát đạn đầu tiên. Tuy nhiên, vết thương gây tử vong của Kennedy là do một tai nạn, khi đặc viên mật vụ George Hickey sơ ý cướp cò súng sau xe của Kennedy.
Hickey phủ nhận nhận định trên.
[sửa]Chính quyền Israel
Chính quyền Israel đã phẫn nộ trước áp lực của Kennedy về chương trình vũ khí hạt nhân bí mật của nước này, và trước sự đồng cảm của ông này với người Ả Rập.
[sửa]Phó Tổng thống Lyndon B. Johnson
Phó tổng thống Lyndon B. Johnson
Phó tổng thống đương nhiệm Lyndon B. Johnson có lẽ là người đạt được nhiều quyền lợi nhất từ cái chết của Tổng thống Kennedy. Dễ thấy, theo Hiến pháp Hoa Kỳ thì ông này sẽ lên làm tổng thống. Chính ông cũng đã nói khi nhậm chức Phó tổng thống là "Trong 4 tổng thống thì 1 bị ám sát, có thể tôi sẽ gặp may mắn?" Thái độ của Johnson khi nhậm chức Tổng thống trên Air Force One ngay sau khi Kennedy qua đời cùng với Nhật ký Nhà trắng của Lady Bird - vợ của Johnson - cũng đáng bàn cãi.
Quan hệ giữa Kennedy và Johnson cũng không hề tốt đẹp gì trong nhiệm kỳ Kennedy. Thực tế thì Kennedy có ý định bãi nhiệm ông này.
Một số người khi viết tiểu sử cho Johnson tin rằng ông này có máu cầu tiến trong chính trị và ham muốn quyền lực.
FBI
Thuyết về công nghệ quân sự
Tổng thống Kennedy có những ý định rút các dính líu, đầu tư quân sự vào Việt Nam sớm (có thể Chiến tranh Việt Nam đã không xảy ra nếu ông này sống và thực hiện các kế hoạch này).
Sau khi ông này qua đời, Phó tổng thống lên thay Lyndon B. Johnson là người chịu trách nhiệm cho việc leo thang chiến tranh ở Việt Nam.