Trong làng xã, đã từ lâu tồn tại hợp tác xã với cơ chế cũ chứa đựng nhiều thiếu sót khuyết điểm, cụ thể là mỗi hợp tác xã đều có một bộ máy gồm 12 – 15 người, có ban kiểm soát để kiểm tra mọi hoạt động của hợp tác xã. Từ khi chuyển sang cơ chế mới thì đội ngũ trưởng thôn, trưởng xóm thay thế ban chủ nhiệm hợp tác xã và đội trưởng đội sản xuất trước đây. Vô hình chung mỗi xóm, thôn, làng bây giờ trở thành một cấp chính quyền trung gian, đương nhiên tồn tại được mọi người công nhận. Mọi công việc của dân trên địa bàn mỗi xã đều chỉ thông qua hệ thống cán bộ thôn, xóm.
Các chức sắc, chức dịch cũ (quan viên, kỳ mục, kỳ dịch v.v) nay đã bị xóa bỏ. Vai trò của chính quyền xã hiện nay được công nhận là nằm trong hệ thống quản lý nhà nước đã và đang dần dà làm mất đi vai trò của hệ thống chính quyền làng theo kiểu cũ.
Ngày nay, người đứng đầu một làng là trưởng làng (thôn) hay trưởng bản (ở miền núi). Vai trò của họ thực ra không lớn lắm
Một điều dễ nhận thấy trong tổ chức bộ máy quản lý làng xã cổ truyền là sự chi phối chặt chẽ của những thiết chế cổ truyền đến bộ máy quản lý làng xã. Cụ thể việc lưu truyền những luật định bất thành văn của làng xã luôn giữ một vị trí quan trọng “phép vua thua lệ làng”, những quy định bất thành văn ấy cư lưu truyền trong làng xã và tác động không nhỏ đến cách làm việc của bộ máy quản lý hành chính làng xã Việt Nam.
Mặt khác cũng phải thừa nhận rằng với nền kinh tế nông nghiệp đã tác động không nhỏ đến bộ máy quản lý hành chính làng xã là làm việc theo lối “tiểu nông” vẫn còn phổ biến. Cùng với đó là sự chi phối nặng nề của tâm lý dòng họ lên bộ máy quản lý làng xã. Những dòng họ lớn đa phần tham gia vào bộ máy hành chính hoặc nếu không thì đối với những công việc của làng xã, tiếng nói của dòng họ vẫn còn ảnh hưởng khá nhiều. Tâm lí đó khiến cho trong xã hội ngày xưa lối làm việc của bộ máy hành chính làng xã còn nặng về tình cảm, nhiều khi không quyết đoán làm ảnh hưởng đên công việc chung hoặc do làm việc theo cảm tính mà ảnh hưởng đến kết quả của công việc. Người Việt thường lấy đạo đức làm cơ sở trong quan hệ ứng xử giữa người với người, tình làng nghĩa xóm sâu nặng đã che mờ quan hệ pháp lý - vốn được coi trọng trong các xã hội phát triển.
Bộ máy quản lý hành chính làng xã cổ truyền rất cồng kềnh, có những chức vụ không cần thiết gây cản trở đến tiến trình công việc, phải qua nhiều người, nhiều cấp, không đạt hiệu quả cao. Điều này hiện nay vẫn còn khá phổ biến trong bộ máy quản lý hành chính làng xã hiện đại.
Có làng xã bộ máy quản lý vẫn mag tính tự trị ảnh hưởng rất lớn đến việc hội nhập và phát triển của làng xã Việt Nam trong thời buổi kinh tế thị trường đang tác động mạnh mẽ đến mọi mặt của đời sống xã hội. Việc làng xã Việt Nam được tổ chức theo huyết thống, địa bàn cư trú, truyền thống nam giới và hành chính như ở phần trên làm cho làng có tính cộng đồng và tự trị rất cao. Tính cộng đồng làm cho các thành viên trong làng đều hướng tới nhau, đó là đặc trưng "hướng ngoại"; còn tính tự trị làm cho các làng trở lên biệt lập với nhau, đó là đặc trưng "hướng nội".
Tính biệt lập ở các làng mạnh đến nỗi mỗi làng có thể được coi như một quốc gia thu nhỏ với một "luật pháp riêng" được gọi là hương ước (lệ làng được ghi bằng văn bản) và luật tục (lệ làng được quy định bằng lời nói); và một "triều đình riêng" với hội đồng kỳ mục là cơ quan lập pháp, lý dịch là cơ quan hành pháp. Nhiều làng còn bầu bốn cụ cao tuổi là tứ trụ. Sự can thiệp của nhà nước phong kiến, và sau này của thực dân không làm ảnh hưởng nhiều đến tổ chức của làng xã. "Phép vua thua lệ làng" là một truyền thống thể hiện mối quan hệ dân chủ đặc biệt của nhà nước phong kiến với làng xã Việt Nam.
Tính biệt lập còn được thể hiện ở lũy tre làng. Lũy tre làng bao trùm xung quanh làng. Đó là một thành lũy rất kiên cố, "đốt không cháy, trèo không được, đào không qua". Điều đó dẫn đến hậu quả là cán bộ trong tổ chức bộ máy quản lý có óc bè phái, cục bộ; gia trưởng, tôn ti,... thủ tiêu vai trò cá nhân, tạo ra thói dựa dẫm, ỷ lại vào tập thể và cào bằng, đố kị không muốn ai hơn ai.
Trong cơ chế cũ tài sản của hợp tác xã và chính quyền cấp xã không đáng kể, còn hiện nay không ít thôn xóm có “quỹ tài chính thôn xóm” và tài sản của xã có nhiều khoản thu với số lượng lớn lên tới hàng tỷ đồng. Trong khi mặt trái của cơ chế thị trường luôn tác động mạnh đến tận cơ sở và từng tế bào xã hội thì thu nhập hàng tháng của cán bộ cơ sở còn thấp, nhưng họ lại quản lý trong tay một số tiền vốn lớn, cho nên dễ bị cám dỗ, dẫn đến lợi dụng tham ô. Bên cạnh đó cũng do sự bảo thủ của cơ chế cũ, cho nên các đơn từ khiếu kiện của người dân không được các cấp chính quyền giải quyết kịp thời ngay, bệnh “kính chuyển” thâm căn cố đế của một bộ máy cồng kềnh đã làm người tố cáo mất niềm tin vào hiệu lực của bộ máy. Đồng thời một số cán bộ cơ sở lợi dụng chức quyền kéo bè kéo cánh, trở thành những tên cường hào theo kiểu hương thôn ngày xưa: sai phái, hách dịch, chiếm đoạt trắng trợn. Tình trạng đó đã làm xuất hiện những “điểm nóng” ở làng xã, đó là những địa bàn xảy ra tranh chấp khiếu kiện có đông người tham gia, dẫn đến gây mất ổn định về an ninh chính trị, ảnh hưởng xấu đến đời sống kinh tế, chính trị, xã hội. Hầu hết khắp các tỉnh đều xuất hiện “điểm nóng” như Hà Tĩnh, Hải Hưng, Hà Tây, Vĩnh Phú, v.v… gần đây nhất là Thái Bình có 128 xã xảy ra tình trạng đông người đi khiếu kiện. Nhiều “điểm nóng” đã xảy ra tình trạng lôi kéo dòng họ hoặc một bộ phận quần chúng hành động một cách vô chính phủ dẫn đến một số vụ việc mang tính bạo lực giữa các thôn, các làng với nhau, làm phương hại đến an ninh trật tự xã hội, gây xáo trộn không nhỏ đến đời sống kinh tế- xã hội, nguy hiểm hơn là tạo ấn tượng xấu trong một bộ phận quần chúng đối với sự nghiêm minh của luật pháp, làm nảy sinh các hiện tượng “phép vua thua lệ làng” và tự giải quyết theo “lệ làng”, vô hiệu hoá tổ chức Đảng, chính quyền cơ sở, làm tổn thương đến tình làng nghĩa xóm đã tồn tại từ lâu đời. Nguyên nhân dẫn đến tình hình phức tạp trên là do mâu thuẫn giữa xu hướng đổi mới nông thôn và xu hướng quay về truyền thống của làng xã; mâu thuẫn giữa xu hướng khôi phục truyền đối chọi với sự tàn nhẫn lạnh lùng của cơ chế thị trường; mâu thuẫn giữa một bộ phận quần chúng nhân dân với cán bộ cơ sở quan liêu, hách dịch, cửa quyền, tham ô, tham nhũng trong làng xã.
Bên cạnh những hạn chế mà chúng ta vừa tim hiểu trên đây, tổ chức bộ máy làng xã Việt Nam truyền thống cũng có những mặt tích cực.
Yếu tố tích cực đầu tiên mà chúng ta dễ nhận ra đó là sự bảo lưu những giá trị truyền thống trong làng xã của dân tộc Việt Nam. Trải qua gần nghìn năm Bắc thuộc, rồi mấy cuộc xâm lăng của gần đây, làng xã và lũy tre là pháo đài chống giặc, sàng lọc luôn cả văn hóa ngoại lai. Lời kêu gọi “cứu nước cứu nhà” đưa về từng làng xóm, “đóng cửa bảo nhau” đã vận động và đưa ra tiền tuyến hàng triệu thanh niên.
Ngày nay, bộ máy quản lý làng xã đã được công nhận nằm trong hệ thống quản lý Nhà nước, đã và đang dần dà làm mất đi vai trò của hệ thống chính quyền làng theo kiểu cũ; giúp Nhà nước trong việc thu thuế, quản lý trật tự địa phương….Đồng thời còn tổ chức các hoạt động văn hóa, tuyên truyền tư tưởng mới tiến bộ, xóa bỏ những hủ tục lạc hậu của xã hội xưa…
Do tính cộng đồng cao mà bộ máy quản lý làng Việt Nam có xu hướng nhấn mạnh vào tính đồng nhất, hệ quả của nó là: đoàn kết, tương trợ lẫn nhau, tính tập thể cao, dân chủ địa phương.
Tổ chức bộ máy quản lý làng xã đã có những thay đổi phù hợp với yêu cầu và tình hình thay đổi của đất nước hiện nay, một số chức vụ cũ đã được bãi bỏ; có sự phân chia công việc rõ ràng ứng với từng cấp bậc, chức vụ cụ thể.