Phan Châu Trinh cho rằng, do chế độ phong kiến đã thực sự thối nát, mục ruỗng, nhu nhược, nên đã để cho quyền lực chính trị rơi vào thực dân Pháp. Bộ máy của chế độ phong kiến là bù nhìn, như quân trên bàn cờ tướng: “Một ông tướng lác đứng trong cung, Sĩ tượng khoanh tay chẳng vẫy vùng ”. Tầng lớp Nho sĩ vẫn chìm đắm trong hư văn, chưa kịp chuyển biến theo thời thế: “Việc đời nhìn lại thấy chẳng còn gì, sông núi không còn nước mắt để khóc các bậc anh hùng. Muôn nhà làm tôi tớ dưới ách cường quyền, nhiều người đang ngủ mê trong giấc mộng văn chương bát cổ ”. Chính vì vậy, ông đã phát động phong trào Duy tân để đưa đất nước thoát khỏi thời kỳ đen tối, phát triển theo con đường dân chủ tư sản, đi theo dân chủ và từ bỏ quân chủ.
Phong trào Duy Tân ( 1903 – 1908 ) do Phan Châu Trinh mở đầu đã đề ra 3 chủ trương chung:
Chủ trương chung thứ nhất của phong trào Duy tân là trực tiếp vận động duy tân với dân chúng khắp nước, chứ không thông qua triều đình Huế, không trình bày đề nghị hay dự án cải cách lên vua hay các đại quan.
Chủ trương chung thứ nhì là phong trào Duy tân hoạt động công khai, bất bạo động, không cầu viện ngoại bang, không gia nhập một đảng phái hay hội kín nào cả. Trong phần kết luận bài " Hiện trạng vấn đề " diễn thuyết tại Hà Nội năm 1907, Phan Châu Trinh viết: " Không nên trông người ngoài, trông người ngoài là ngu. Không nên bạo động, bạo động thì chết.”. Công cuộc tranh đấu bất bạo động của phong trào Duy tân, khởi xướng từ 1905 tại Việt Nam, đi trước ông Mohandas K. Gandhi ( 1869-1948 ), người Ấn Độ, mở đầu chiến dịch bất bạo động chống sự kỳ thị dân Ấn tại Nam Phi năm 1907.
Chủ trương chung thứ ba hướng về tương lai, là vận động nâng cao dân trí, chấn hưng dân khí, phát triển dân sinh, vận động dân quyền.
Thông qua những chủ trương trên và thông qua hoạt động cụ thể của phong trào Duy tân, ta có thể thấy được tư tưởng dân chủ tư sản thể hiện qua phong trào về những vấn đề cụ thể như sau:
1. Về chính trị
Lên án chế độ phong kiến quan liêu thối nát; cổ động, khuyến khích, tuyên truyền giác ngộ quần chúng về tư tưởng dân chủ dân quyền tư sản; tuyên truyền thể chế dân chủ tư sản.
Lên án vua quan phong kiến tham tàn thối nát, ca gợi dân chủ dân quyền.
Trong sách Tự Phán, Phan Bội Châu cho biết sau khi đi Nhật năm 1906 trở về, Phan Châu Trinh khẳng định lập trường của ông: " Chỉ nên đề xướng dân quyền, dân đã biết có quyền thì việc khác có thể tính lần được." Vào đầu thế kỷ 20, đây là một chủ trương rất mới lạ và rất tiến bộ. Phan Châu Trinh là nhà chính trị Việt Nam đầu tiên đề xướng dân quyền trước công luận nước nhà. Phan Châu Trinh cũng là người đầu tiên báo động tình trạng thiếu dân quyền ở Việt Nam tại Paris, chẳng những là thủ đô của nước Pháp, mà còn là một trung tâm văn hóa chính trị quan trọng trên thế giới.
Điểm đặc biệt, Phan Châu Trinh hết sức chống đối chế độ nhân trị mà tượng trưng là chế độ quân chủ thời ông. Điều này được biểu lộ rõ nét trong hai bài viết: Thứ nhất là thư “ Thất điều” đề ngày 15-7-1922 bằng chữ Nho, kể bảy tội của vua Khải Định ( trị vì 1916 – 1925 ) khi vị vua này sang Pháp tham dự cuộc đấu xảo ( tức hội chợ triển lãm ngày nay ) tại thành phố Marseilles ở phía nam nước Pháp. Bảy điều đó là: “ Tôn bậy quân quyền, lạm hành thưởng phạt, thích chuộng sự quỳ lạy, xa xỉ vô độ, ăn bận không phải lối, tội chơi bời, chuyến đi Tây có sự ám muội.” Thư Thất Điều được các báo Pháp dịch đăng ở Paris, gây một tiếng vang rất lớn trong dư luận thời đó tại Paris. Thứ nhì là bài " Quân trị chủ nghĩa và dân trị chủ nghĩa " do Phan Châu Trinh diễn thuyết ở Sài Gòn năm 1926 trước khi từ trần. Trong bài này, Phan Châu Trinh cho rằng chế độ quân chủ là một chế độ có tính cách nhân trị, nghĩa là con người cai trị xã hội theo ý kiến chủ quan của mình, chứ không dựa trên một căn bản pháp luật nào cả, tức không có tính cách pháp trị. Nếu gặp một vị vua sáng suốt thì nền cai trị đó sẽ tốt đẹp, nhưng nếu gặp một kẻ làm vua hôn ám thì nền chính trị sẽ đen tối, và chắc chắn nhân dân sẽ lầm than cơ cực.
Phong trào Duy tân chủ trương thiết lập chế độ dân chủ pháp trị với tam quyền phân lập theo kiểu tây phương, được phân định rõ ràng bằng hiến pháp. Hiến pháp do quốc hội soạn, quốc hội do dân chúng tự do bầu ra. Nền dân chủ có tính cách pháp trị rõ ràng và bình đẳng: "...Từ ông tổng thống cho đến người nhà quê cũng đều chịu theo một pháp luật như nhau..." ( lời Phan Châu Trinh trong bài diễn thuyết trên. )
2. Về kinh tế
Về phương diện kinh tế, ngay từ đầu thế kỷ 20, phong trào Duy tân kêu gọi trấn hưng kinh tế, mở mang kỹ nghệ, phát triển thương mại, nghĩa là khuyến khích đường lối kinh tế tự do
Phong trào Duy tân chủ trương mở mang kinh tế, khuyến khích những sinh hoạt mới mẻ, như lập “nông hội”, và “thương hội”, do những nhân sĩ địa phương đứng ra điều hành. Các tổ chức này rất tự do và dân chủ, khác với các hợp tác xã nông và thương nghiệp của chế độ cộng sản sau này. Đa số những nông hội quan trọng được tổ chức ở vùng Tam Kỳ, Hà Lam, chuyên trồng quế, chè, tiêu là những nông sản đặc biệt.
Phong trào Duy tân ở Quảng Nam có ba thương hội quan trọng: đó là các thương hội Phong Thử, Thăng Bình và Hội An. Thương hội Phong Thử do ông Phan Thúc Duyện ( Diện ) điều khiển; hội buôn Thăng Bình ở làng Phú Lâm do xã Sáu Lê Cơ chủ trương; và thương cuộc Hội An do Nguyễn Toản, tức ông bang tá Kỳ Lam đặc trách, và Mai Tảo hay Học Tảo làm quản lý, ở đường Chùa Cầu. Thương hội vừa bán sỉ, vừa bán lẻ đủ các loại hàng, tổ chức rất chu đáo, trên mỗi món hàng có dán nhãn hiệu, ghi giá nhất định. Một thương hội nổi tiếng ở Bình Thuận do Phan Châu Trinh khuyến khích các nhà hoạt động duy tân Bình Thuận thành lập, vẫn còn hoạt động cho đến ngày nay là Công ty Liên Thành ở Phan Thiết.
Những tổ chức kinh tế trên đây so với ngày nay rất tầm thường, nhưng so với thời buổi kinh tế lạc hậu lúc bấy giờ, là một sáng kiến đặc biệt hiếm có, đặt nền móng cho việc phát triển ngành công nghệ và thương mại để thúc đẩy sự phát triển kinh tế.
Trong Đông Kinh Nghĩa Thục, chủ trương phát triển kinh tế được thể hiện rõ nét. Tư tưởng lớn của Đông Kinh Nghĩa thục là Chủ nghĩa dân bản Việt Nam. Khai dân trí - Chấn hưng dân khí - Hậu dân sinh. Công nghiệp, phát triển theo lối tư bản, mở các công ty, nhà hàng để kinh doanh lấy lãi, thông thương các hàng nội hóa. Cửa hàng Hồng Tân Hưng ( nối theo Đông Kinh nghĩa thục ) miền Bắc, cửa hàng Triệu Dương thương quán ( Nghệ An ), cửa hàng Liên Thành ( miền Nam Trung Bộ ),… là những thí dụ. Nông nghiệp cũng được chú ý khuếch trương, bỏ tiền mua đất lập đồn điền.
Như vậy, đó là một nền kinh tế dân chủ, bình đẳng mọi thành phần, coi trọng luật pháp, nông, công, thương, khoa học, mở cửa… mục đích dân mạnh, nước cường. “ Chấn hưng công nghệ ”: xây dựng nền kinh tế tự chủ, tự lực, tự cường, theo tư bản phương Tây. Sản nghiệp là của riêng. Coi trọng nhà doanh nghiệp: “ Người giàu bỏ vốn ra phát triển công nghiệp thì dân ta sẽ cảm kích, xưng tụng, sao lại sinh lòng đố kỵ?”.
3. Về văn hóa, giáo dục.
Tuyên truyền nền học thuật tiên tiến. Mở các trường dậy tất cả các ngành khoa học tự nhiên, khoa học xã hội, dậy chữ quốc ngữ, chữ Pháp….Đó là một nền học thuật khoa học, mang tính chất dân tộc, dân chủ; lên án, bài trừ phong kiến và cường quyền, áp bức, nghèo nàn, lạc hậu; trấn hưng dân khí, mở mang dân trí, hậu dân sinh.
Trong tác phẩm “ Tôn chỉ duy tân ” Trần Quý Cáp đã nêu lên thực trạng xã hội Việt Nam, và đưa ra kết luận “ duy tân là lúc hiện chừ ”:

“ Văn chương tự cổ vô bằng cứ,
Thời thế đương kim hữu khả vi.
Kìa văn sách, nọ phú thi;
Ngẫm cho kĩ cái chi là hữu ích.
Ngồi nghe bóng quan trên sức hạch.
Hoách râu trê mà viết dắt trắp mang.
Nho sinh, thí khóa chật đường,
Ủa tám kiếp dã man còn dữ thói.
Ờ phải phải! nhân tình khả quái,
Miễn cho ai len lỏi dưới cường quyền.
Phải chi biết nghĩa dân quyền,
Đâu chịu chữ đới thiên cho đành dạ…!
Tiếu mạ tùng tha tiếu mạ,
Hảo quan hoàn ngã chi quan.
Cá kia gặp nước biết giương vi,
Người há phùng thời mà rút cổ.
Đạo trung hiếu đền ơn thủy tổ,
Vạch gió mây ghi hai chữ cương thường
Hàn Trương tử, Tống Thiên Trường,
Người nghĩa sĩ phải gánh can trường vũ trụ.
Sá kể chi những nhà Nho hũ
Sao các người củ rũ giữ thói hư?
Duy tân là lúc hiện chừ.”


Trong phần kết luận bài diễn thuyết ở Hà Nội năm 1907, Phan Châu Trinh nói tiếp: “ Tôi chỉ có một lời để nói với đồng bào, không gì bằng học .” Phong trào duy tân khuyến khích việc học để nâng cao dân trí, hay nói cách khác nâng cao dân trí bằng giáo dục, chủ yếu là giáo dục quần chúng. Vào thời đó, chưa có tổ chức học đường như ngày nay. Các nhà duy tân vận động mở những lớp học và từ đó phổ biến tất cả các loại kiến thức phổ thông cho quần chúng, từ nếp sống văn minh mới đến những hiểu biết về kinh tế, chính trị, khoa học...
Tuy xuất thân đại khoa bảng Nho học, những nhà lãnh đạo phong trào Duy tân chủ trương thay thế chữ Nho bằng chữ Quốc ngữ ( tiếng Việt được la-tinh hoá ) để có thể mở mang giáo dục, vì Quốc ngữ dễ học, dễ viết, có thể dùng làm phương tiện truyền bá kiến thức phổ thông rộng rãi đến dân chúng
Các nhà Duy tân không đồng ý với lối học từ chương cổ điển, nhồi sọ theo giáo điều Tống Nho chỉ để phục vụ chế độ quân chủ, chận đứng mọi sáng kiến và làm trì trệ xã hội. Chủ trương này thể hiện rõ nét nhất qua hai bài “Chí thành thông thánh thi ” của Phan Châu Trinh và “ Danh sơn lương ngọc phú ” do Trần Quý Cáp và Huỳnh Thúc Kháng làm chung, dưới cùng ký tên Đào Mộng Giác, tại trường thi Bình Định năm 1905.
Phong trào Duy tân còn chủ trương hướng việc giáo dục vào thực tế, dạy đủ các nghề từ công nghiệp đến thương mại, chứ không phải chỉ chăm chú vào sách vở thánh hiền, văn chương chữ nghĩa, học thuyết chính trị, luân lý xã hội.
Đi đến đâu, các ông đều kêu gọi mở trường dạy chữ Quốc ngữ và dạy nghề. Những trung tâm hoạt động náo nhiệt nhất là Quảng Nam, Bình Thuận và Hà Nội, trong đó nổi tiếng nhất là Đông Kinh Nghĩa Thục tại Hà Nội, vì Hà nội lúc đó là thủ đô chính trị của toàn cõi Đông Dương. Việc chuyển hướng từ chữ Nho qua chữ Quốc ngữ do Phan Châu Trinh và nhóm Duy tân đề xướng vào đầu thế kỷ 20 là cánh cửa rộng mở giúp nền văn hoá Việt Nam nhanh chóng đi lên theo đà phát triển khoa học kỹ thuật hiện nay.
Phong trào Duy tân trực tiếp đả kích cái học cũ, đầu óc hủ nho và lối văn chương bát cổ làm mê muội con người; công kích những thói hư tật xấu và lên án chế độ phong kiến, chế độ quân chủ, nhắc nhở đến lịch sử cha ông, vạch rõ những thảm cảnh của đất nước lâm vòng nô lệ. Hướng đi của những người duy tân là nhằm cổ động cái học mới ( tân học ) và cổ động cho thực nghiệp. Để thực hiện cho chủ trương này, việc làm cụ thể của họ là:
Mở các trường học: Các nhà Duy Tân ở Quảng Nam ( Phan Châu Trinh, Huỳnh Thúc Kháng, Trần Quý Cáp ) đi đầu trong việc đề xướng khai dân tự với việc mở hàng loạt trường ở hầu khắp các làng quê của xứ Quảng. Đó là các ngôi trường kiểu mới của dân tộc đầu thế kỷ trước. Nhưng tiêu biểu hơn cả là trường Đông Kinh nghĩa thục ở Hà Nội. Nhà trường có chương trình đường lối như Văn minh tân học sách, có tổ chức quy mô thu nhận hàng nghìn học sinh, có nhiều hình thức hấp dẫn: “ Buổi diễn thuyết người đông như hội/ Kỳ bình văn khách tới như mưa ”
Nhà trường có nhiều tác phẩm xuất sắc được lưu hành, phổ biến ra cả ngoài trường như những tài liệu tuyên truyền cứu nước. Nhiều địa phương khác trong Nam ngoài Bắc đã cố gắng phỏng theo mô hình này, dù ở quy mô nhỏ hẹp hơn.
Tổ chức diễn thuyết ở nhiều nơi, nói về các đề tài liên quan đến vận động học mới, đả kích tư tưởng, phong tục cổ hủ, đề cao dân chủ dân quyền. Rất nhiều nhà nho có uy tín ( các vị tiến sĩ, cử nhân, tú tài, các ông đốc học, giáo thụ, huấn đạo ) tham gia công việc này, gây một phong trào truyền bá tân học rất sôi nổi.
Ngoài những hình thức trên đây, ở một số nơi khác trong nước, còn có những phong trào đột khởi, cũng do những nhà nho duy tân tiến hành. Khởi đầu, có lẽ là do sáng kiến của một vài vị thân sĩ nào đó, sau được lớp nhà nho trẻ tuổi thực hiện một cách ào ạt. Thí dụ như phong trào cắt tóc: cắt cái búi tóc được xem là một hình thức tiêu biểu cho cái cục hủ cổ truyền của Việt Nam.
Những hành động như trên, cố nhiên là do sự chỉ đạo, sự thôi thúc của các nhà nho trong phái minh xã. Nhưng trong phạm vi bí mật, không phải không có tác động của phái ám xã. Tài liệu học tập ở Đông Kinh nghĩa thục có những thơ văn cổ động của phái Đông Du được dịch và lưu hành ( Hải ngoại huyết thư của Phan Bội Châu được Lê Đại dịch ). Có cả những liên lạc kín đáo giữa phong trào Đề Thám với trường này. Và ở miền trong, sự thân tình của Phan Bội Châu ( lãnh tụ phái ám xã ) cùng các ông Đặng Nguyên Cẩn, Trần Quý Cáp càng chứng tỏ họ cùng chung mục đích. Bản án kết tội Huỳnh Thúc Kháng, Phan Thúc Duyện, Nguyễn Thành, Lê Bá Trinh của thực dân, nói rõ là những người này ( minh xã ) đã thông đồng với Phan Bội Châu (ám xã ).
Điều đặc biệt đáng ghi nhận ở đây là những nhà nho trong phái duy tân, có khá nhiều là những cây bút văn chương xuất sắc. Họ trung thành với chủ trương đánh thức đồng bào, bài xích hư văn, hô hào thực nghiệp. Có lẽ lần đầu tiên đất nước Việt Nam này mới có một chương trình vận động văn hoá có bài bản, có lý luận hẳn hoi. Trước đây, văn chương và học thuật Việt Nam không đề xuất được một tí lý luận nào, ngoài cái phương châm “ văn dĩ tải đạo ” quen thuộc từ bên ngoài đưa đến. Mãi sau này, vào giữa thế kỷ XX, một vài năm trước Cách mạng tháng Tám năm 1945, Đảng Cộng sản mới đưa ra Đề cương văn hoá, đề xuất lý luận quan điểm tiến bộ về phương diện này. Vinh dự cho các nhà nho duy tân, cho Đông Kinh nghĩa thục là đã đưa ra bản Văn minh tân học sách, chỉ rõ được bốn nguyên nhân kìm hãm văn hoá dân tộc và đề ra sáu phương châm vận động văn hoá mới.
Có thể coi Văn minh tân học sách là tuyên ngôn của phong trào vận động cải cách văn hoá, chính trị, xã hội rộng lớn đầu thế kỷ XX. Như nhận xét của tác giả:
“ Nghĩ lại văn minh nước ta là có cái tính luôn luôn “tĩnh” như vậy. Văn minh Âu châu thì có tính luôn luôn “ động ” mãi như thế kia … Nhưng vì sao lại thế. Ấy là bởi có ảnh hưởng tương phản và có nguyên nhân khởi điểm.”
Để đột phá tính “ tĩnh ” của văn minh nước nhà, tác giả Văn minh tân học sách đưa ra sáu biện pháp:
Một là, dùng văn tự nước nhà
Hai là, hiệu đính sách vở.
Ba là, sửa đổi phép thi.
Bốn là, cổ võ nhân tài.
Năm là, chấn hưng công nghệ.
Sáu là, Phát triển báo chí.
Ngoài việc “ Nâng cao dân trí ”, các nhà Nho Đông Kinh nghĩa thục còn kêu gọi phải học nghề, phải học buôn bán, công thương, kỹ nghệ. Họ đưa ra cách giải quyết mới, thống nhất giữa “ nghĩa ” và “ lợi chung ”. Phê phán quan niệm “ đạo nghĩa suông ”, tách rời thực tiễn của đất nước. Một nội dung khác cũng rất quan trọng trong tư tưởng của Đông Kinh nghĩa thục là hô hào đổi mới, đả phá lối suy nghĩ “ nệ cổ ”, coi xưa hơn nay; đả phá quan niệm coi mình là trên hết, còn kẻ khác là “ Man di ”. Chống lại lập luận của giới hủ nho cho rằng “ nước ta mất là tại Mệnh Trời ”, các nhà Nho tiến bộ trong phong trào Đông Kinh nghĩa thục khẳng định: “ Thời buổi này là thời buổi đại cạnh tranh, cạnh tranh về học thuật, cạnh tranh về công nghiệp, không mặt nào là không cạnh tranh, đâu phải chỉ cạnh tranh về đất đai lãnh thổ mà thôi ! Cạnh tranh với một nước, cạnh tranh với nhiều nước, cạnh tranh với người cũng là cạnh tranh với Trời ” . Xu hướng cải cách ôn hoà này đã được bổ sung và phát triển hơn bời những hoạt động công khai hợp pháp của nhóm các sĩ phu Đông Kinh Nghĩa Thục ở Hà Nội, các tỉnh từ Nghệ Tĩnh trở ra, lan rộng ở nông thôn đồng bằng Bắc bộ những năm 1907, 1908,1910 … có ý nghĩa như là một phong trào cải cách văn hoá đầu thế kỷ XX.
Giờ đây, ta có thể thấy nhiều bất cập trong đường lối chính sách đó, nhưng đặt vào hoàn cảnh đương thời, thì đó phải xem là một thành tựu lớn trong lịch sử phát triển văn hoá Việt Nam. Tiếp theo đường lối cơ bản đó là những tác phẩm có giá trị nhất định cả về văn chương và tư tưởng. Các nhà văn của Đông Kinh nghĩa thục có rất nhiều sáng kiến biến hoá, sử dụng nhiều thể loại phục vụ mục đích tuyên truyền giáo dục của mình:
Họ viết rất nhiều các bài thơ cổ động, dùng vần điệu lục bát, nhắc nhở quần chúng về từng nhiệm vụ duy tân cụ thể. Họ có sáng kiến tìm những đầu đề hấp dẫn, khêu gợi, rất hợp với tâm lý quần chúng. Bài thơ ngắn này là Kêu hồn nước, bài ca trù gọn nhẹ kia là để hú hồn thanh niên. Rồi những lời mẹ dạy con, vợ khuyên chồng rất thích hợp với sự tiếp nhận của đại đa số quần chúng.
Họ viết những bài thơ có tính cách chuyên đề, đi hẳn vào những yêu cầu tố cáo thói hư tật xấu, hoặc hướng dẫn một nhiệm vụ cụ thể, chỉ rõ từng vấn đề thiết cốt trong nhiệm vụ duy tân. Đây là bản Cáo hủ lậu văn, kia là bản Giác thế tân thanh, rồi đến những bài Khuyên học quốc ngữ, học chuyên môn, học công nghệ, học buôn bán. Kia là những bài khuyên đoàn kết, khuyên hợp quần. Tất cả những gì cần thiết cho sự đổi mới, Đông Kinh nghĩa thục tiêu đề cập đến một cách gọn gàng, thiết thực.
Đông Kinh Nghĩa thục là trường học do các sĩ phu Việt Nam lập ở Hà Nội năm 1907, phỏng theo Khánh Ứng Nghĩa thục. Không ngờ người Việt hưởng ứng “ Nghĩa thục ” nhanh như gió, các trường “ Nghĩa thục ”( public school ) mở ra nhiều tỉnh trên đất nước ta. Mục tiêu của phong trào là:
• Bỏ tư tưởng Khổng giáo, Tống nho, Hán nho. Du nhập những tư tưởng mới, phát triển văn hoá, thúc đẩy sử dụng chữ quốc ngữ thông qua các hoạt động giáo dục (dịch, viết sách giáo khoa), báo chí, tuyên truyền, cổ động.
• Chấn hưng thực nghiệp. Mở tiệm buôn, phát triển công thương.
Về tổ chức: Trường được chia làm bốn ban hoạt động:
Ban giáo dục: Có nhiệm vụ là mở lớp học, dạy học. Tuy nhiên, trường chưa có một chương trình học rõ ràng và hệ thống, cũng như các tài liệu được biên soạn giành cho giảng dạy. Cơ bản với 3 bậc học: Tiểu học dạy những người mới học Quốc ngữ; Trung học và Đại học dạy cho những người lớn đã thông chữ Hán, hoặc muốn học chữ Pháp. Các bậc học thực chất chỉ căn cứ vào trình độ hiểu biết của học sinh mà xếp thành lớp, do đó lớp tuổi học sinh cũng không đều.
Các môn học được giảng dạy bao gồm Sử ký, Địa lý nước nhà, Toán, Hội họa, một số kiến thức khoa học.
• Dạy Hán văn có Nguyễn Quyền, Dương Bá Trạc, Hoàng Tăng Bí...
• Dạy Việt văn và Pháp văn có Nguyễn Văn Vĩnh, Phạm Duy Tốn, Nguyễn Bá Học...
Về tài liệu giáo khoa, về Hán học, thì học tân thư Trung Quốc, nhất là sách của Khang Hữu Vi, Lương Khải Siêu. Sách học Quốc ngữ là các giao án tự soạn của các giao viên, dạy những kiến thức cơ bản về đất nước, về lịch sử Việt Nam.
Ban tài chính: Trường không thu học phí và giáo viên ban đầu cũng không có lương. Ban đầu, nguồn kinh phí của trường dựa vào các khoản " lạc trợ " (ủng hộ ) của các hội viên và những người hảo tâm yêu nước, cũng như các khoản đóng góp tự nguyện của học sinh. Theo cụ Lê Đại, một hội viên sáng lập của trường, phụ trách Ban Tài chính, " Ấy vậy, có lúc nhà trường đứng ra thu tiền ủng hộ không xuể ".
Về sau, phong trào duy tân xung quanh hoạt động dạy học Đông Kinh Nghĩa Thục lan rộng. Ban Tài chính còn chịu trách nhiệm mở các tiệm buôn bán và kinh doanh nhằm khuếch trương thực nghiệp, cổ động cải cách kinh doanh, đồng thời tăng thêm nguồn thu cho trường. Sau này kinh phí dồi dào, trường cấp miễn phí giấy bút cho học sinh và trả giáo viên một số lương tượng trưng nhỏ.
Ban cổ động diễn thuyết và bình văn: Ban chịu trách nhiệm điều hành hai tờ báo Đăng cổ Tùng báo, Đại Việt Tân báo, là cơ quan ngôn luận của trường, tuyên truyền cho cải cách, bài trừ hủ tục, vận động nhớ đến ngày giỗ tổ mùng 10 tháng 3, sử dụng chữ quốc ngữ. Ban cũng thường xuyên tổ chức diễn thuyết, bình văn tại trường vào các tối mồng một và rằm hàng tháng. Người ngoài trường dự nghe rất đông, có cả quan lại, binh lính, viên chức. Trong các buổi diễn thuyết, diễn giả thường bình luận các bài in trên Đăng cổ Tùng báo, Đại Việt Tân báo, hoặc nói chuyện về đề tài lịch sử, về Cách mạng Pháp 1789, về sự nghiệp của George Washington, v.v... Phan Chu Trinh cũng thỉnh thoảng đến diễn thuyết ở trường.
Ban trước tác: Biên soạn, dịch thuật các tài liệu học tập và tài liệu tuyên truyền là nhiệm vụ của Ban Trước tác. Xuất bản và dịch thuật các tài liệu Tân thư được xem như cương lĩnh hành động chung của sĩ phu Duy tân bấy giờ, chủ trương dùng văn tự nước nhà, hiệu định sách vở cốt thiết thực, sửa đổi phép thi, cổ võ nhân tài, chấn hưng công nghệ, xuất bản báo chí....
Các sách giáo khoa chữ Hán được in bản gỗ, trên giấy lĩnh làng Bưởi như Nam Quốc địa dư, Nam Quốc vĩ nhân truyện, Quốc dân độc bản. Sách Quốc ngữ thì in bằng thạch, chủ yếu là những bài ca dễ đọc, dễ nhớ, đại loại như Kêu hồn nước, Á Tế Á, Đề bỉnh quốc dân, Thiết diễn ca... Các sách dịch đầu tiên là những bộ Tân thư như Trung Quốc tân giáo khoa thư, Văn minh tân học sách...
Chỉ trong vòng mấy tháng, ban này đã soạn được nhiều sách giáo khoa cho mục đích dạy học của nhà trường, ngoài ra còn biên dịch nhiều Tân thư chữ Hán. Nhờ Đông Kinh Nghĩa Thục mà tiếng Việt hiện đại đã có thêm nhiều từ mới.
Hoạt động khai trí dạy học của trường: Tháng 3 năm 1907, mặc dù chưa được giấy phép của chính quyền thuộc địa, trường vẫn tạm thời khai giảng tại gác tẩu mã trên nhà số 4, phố Hàng Đào, với 2 lớp chuyên dạy Quốc ngữ; với khoảng 70 học sinh, phần đông là con cháu hội viên. Đây vốn là căn nhà cụ Lương Văn Can cho mượn. Cụ Lương cũng đề nghị khi nào số học sinh đông, sẽ mướn thêm ngôi nhà số 10 ở bên cạnh. Nhà này còn rộng hơn nhà cụ, vốn là của ông Hương cống Sùng, một phú gia bậc nhất nhì Hà Thành hồi trước, lúc đó đã bán cho ông Phạm Lẫm. Hai lớp ban đầu được mở, một là để dành cho nam, lớp còn lại là của nữ. Nhưng họ lại gặp phải khó khăn để quyết định ai là người dạy ban nữ. Khi đó cụ Lương Trúc Đàm đã đề nghị:
" Nếu không tìm được ai dạy thì tôi xin cử em Năm tôi. Cô ấy biết Quốc ngữ, tôi tưởng dạy tạm lúc đầu cũng được. "
Mọi người đồng ý và lớp được mở. Đến tháng 5, Thống sứ Bắc Kỳ mới chính thức cấp giấy phép cho trường hoạt động. Trường phải mượn thêm căn nhà số 10 gần đó để mở rộng, nhằm đáp ứng sự phát triển của trường. Sau này trường chia các lớp thành ba ban: tiểu, trung và đại học. Tuy nhiên mặc dù được chia ra như vậy nhưng thực sự thì chương trình học không được chia ra rõ ràng. Đại loại, tiểu học để dạy những người mới học quốc ngữ, trung học và đại học dạy những người lớn đã thông chữ Hán hoặc muốn học chữ Pháp. Các môn học thì có sử ký, địa lý của nước nhà, toán học, vẽ, một chút khoa học. Không chia ra từng năm học như ngày nay, cứ tùy trình độ hiểu biết của học sinh mà sắp thành từng lớp, trong một lớp tuổi học sinh cũng không đều. Lối dạy của trường là cốt đào tạo những người có sáng kiến, có óc thực tế ngược hẳn với lối huấn hỗ, lối "Tử viết, Thi vân", bảo thủ của nhà Nho. Lối văn khoa cử bỏ hẳn, Tứ thư, Ngũ kinh vẫn còn giảng, nhưng giảng theo một tinh thần mới, những sách của Khang Hữu Vi, Lương Khải Siêu được đem ra bàn nhiều nhất. Phần Hán văn giao cho cụ Kép làng Hương Canh, các cụ Dương Bá Trạc, Hoàng Tăng Bí, Nguyễn Hải Thần, Nguyễn Quyền, Lương Trúc Đàm; cụ Đào Nguyên Phổ tuy không dạy nhưng thường góp ý kiến.
Phần Việt văn và Pháp văn do sáu bảy nhà tân học đảm nhận: Nguyễn Văn Vĩnh, Phạm Duy Tốn, Nguyễn Bá Học, Trần Đình Đức, Bùi Đình Tá, Phạm Đình Đối...
Sau đó, do đề nghị của cụ Nguyễn Văn Vĩnh, trường lập một sân thể dục tại hoa viên, cũng sắm được vài quả tạ, dựng được vài cây cột leo. Các nhà tân học lãnh dạy môn đó, nhưng giáo sư đã không thạo mà học sinh cũng không ham, rốt môn thể dục hữu danh mà vô thực.
Về vấn đề soạn sách: Nhằm mục đích truyền bá tư tưởng mới cho dân chúng, trường đã tự soạn lấy sách và lập ra ban Tu thư chia làm hai ngành: ngành soạn giao cho các cụ Phạm Tư Trực ( Thủ khoa, người làng Hành Thiện ), Dương Bá Trạc, Lương Trúc Đàm, Phương Sơn và ngành dịch giao cho các cụ: Nguyễn Hữu Tiến, Nguyễn Đôn Phục, ông cử làng Đông Tác, Hoàng Tích Phụng. Tuy nhiên, chương trình hoạt động và tổ chức phân công chưa được vạch rõ. Đại loại giáo sư dạy môn nào thường phải soạn bài cho môn đó, mỗi bài dài độ vài trang và xét về một vấn đề. Dù viết bằng Hán văn hay Việt văn, các cụ vẫn theo thể biền ngẫu, trừ một số đọc nhiều tân thư thì dùng thể nửa biền nửa tản, thể sở trường của Lương Khải Siêu. Nội dung bài nào cũng hô hào lòng ái quốc, chí tự cường và tinh thần duy tân. Ngoài ra các cụ còn dịch sách của ngoại quốc. Những sách được dịch đầu tiên là những tân thư của Trung Hoa, như bộ Trung quốc tân giáo khoa thư. Hai cụ Nguyễn Hữu Tiến và Nguyễn Đôn Phục, nhờ rảnh việc dịch mà luyện được cây bút, sau thành những nhà văn sắc sảo trong nhóm Nam Phong. Sách soạn xong, giao cho một ban khác và in ra hằng trăm bản để phát không cho học sinh và các đồng chí ở khắp nơi. Nhưng số sách của trường hiện tại bị thất lạc và không còn di tích.
Bài ca: Tuy số sách của phong trào đã bị thất lạc. Nhưng những bài ca xuất phát từ phong trao đã được nhiều người cùng thời học thuộc lòng và được truyền lại tới ngày nay. Nổi bật là là Hải ngoại huyết thư được cụ Lê Đại dịch của Phan Bội Châu. Nhờ vậy bài thơ được lưu hành khắp nước Việt Nam và là nguồn cổ vũ cho phong trào yêu nước đầu thế kỷ 20.
Không chỉ dịch thơ, các nhà nho trong phong trào còn sáng tác những bài thơ yêu nước như cụ Nguyễn Quyền có bà Cắt tóc, Chiêu hồn nước, ... Ngoài những bài thơ do các nhà nho sáng tác, những bài thơ khuyết danh cũng là nguồn cảm hứng yêu nước cho nhân dân và cổ vũ duy tân. Ví dụ như Á Tế Á, Vợ khuyên chồng, Khuyên con, ...
Tuy nhiên bài thơ nổi bật nhất và có sức ảnh hưởng lớn đương thời là bài Thiết tiền ca của Nguyễn Phan Lăng, biệt hiệu là Đoàn Xuyên. Bài dùng thể song thất lục bát, nội dung chua xót và đầy phẫn uất
Trời đất hỡi! dân ta khốn khổ,
Đủ trăm đường thuế nọ thuế kia,
Lưới vây chài quét trăm bề
Róc xương, róc thịt còn gì nữa đâu
Chợt lại thấy bắt tiêu tiền sắt
Thoạt tai nghe bần bật khúc lòng!
Trời ơi có khổ hay không?
Khổ gì bằng khổ mắc trong cường quyền
Lấy mẹo lừa giết hết chúng ta
Bạc vào đem sắt đổ ra,
Bạc kia thu hết sắt mà làm chi?:...
Bài thơ được truyền tụng rộng rãi, từ kẻ chợ đến thôn quê, không ai chịu dùng tiền sắt nữa. Chính phủ Pháp ra lệnh bắt giam một số, nhưng càng đàn áp, dân chúng càng nghi kị, có nơi gần như bãi thị. Tiền phát cho quan lại, họ miễn cưỡng nhận, mang về giao cho vợ con, vợ con đem ra chợ tiêu không được, tình hình muốn nghiêm trọng, chính phủ phải chịu thua, thu tiền sắt
Ngoài ra, tài liệu của Đông Kinh nghĩa thục còn là những tài liệu cổ động của các nhà cách mạng ở nước ngoài, như bản Hải ngoại huyết thư của Phan Bội Châu, Tỉnh quốc hồn ca của Phan Châu Trinh đã được các thầy giáo Đông Kinh nghĩa thục cho phổ biến rộng rãi. Còn phải nhắc đến những bài nói chuyện, bài diễn thuyết của nhiều trí thức, có chân trong phong trào Duy Tân hay không, đều dược chấp nhận, miễn là góp phần vào sự thức tỉnh quốc dân mà các chí sĩ duy tân đang thiết tha cổ vũ. Ngoài ra còn có cả những tài liệu của các học giả nước ngoài, những loại tân thư của Trung Quốc.
Qua gần 9 tháng hoạt động, Đông Kinh Nghĩa Thục đã nuôi dưỡng được một phong trào cách mạng công khai, hợp pháp khá sôi nổi, quyết liệt trong lĩnh vực đấu tranh về văn hoá và tư tưởng theo khuynh hướng dân chủ tư sản. Đó cũng là một cuộc vận động chính trị, chuẩn bị về tinh thần, về tư tưởng cho sự nghiệp đấu tranh cách mạng dân tộc, dân chủ trong thời đại mới.
Trước hết Đông Kinh Nghĩa Thục đã nâng cao được tinh thần yêu nước, cách mạng ở những nơi có phong trào, lôi cuốn họ vào cuộc đấu tranh cho độc lập, tự do và giàu mạnh của đất nước.
Trong lĩnh vực văn hoá tư tưởng, thành tích nổi bật của Đông Kinh Nghĩa Thục là đề cao chữ Quốc ngữ, mạnh dạn sử dụng trong giảng dạy, biên soạn, dịch thuật, sáng tác. Từ đó chữ Quốc ngữ nhanh chóng thâm nhập các lĩnh vực xã hội, ngày càng cải tiến trở thành chữ viết của dân tộc. Hoạt động tuyên truyền, chấn hưng thương nghiệp và hành động kinh doanh cụ thể của Đông Kinh Nghĩa Thục cũng góp phần thúc đẩy nền kinh tế tư sản dân tộc phát triển.
Đông Kinh Nghĩa Thục đã đi đầu và có những thành tựu lớn trong sáng tác văn học phục vụ các cuộc đấu tranh của quần chúng. Với phạm vi hoạt động ngày càng lan rộng, ảnh hưởng trong nhân dân càng lớn, thực tế phong trào đã khơi dậy mạnh mẽ tinh thần đoàn kết yêu nước. Đông Kinh Nghĩa Thục đã trở thành nguy cơ lớn đối với thực dân Pháp ở việt nam. Do vậy, tháng 12.1907 chính quyền thực dân Pháp chính thức thu hồi giấy phép đóng cửa Trường.
Một trăm năm sau ( 1907 – 2007 ), những sĩ phu đầu thế kỷ XXI còn Cảm nhận giá trị minh triết của Đông Kinh Nghĩa thục ( Bài viết của nhà nghiên cứu Văn hóa Nguyễn Khắc Mai ) nhận định bốn giá trị minh triết còn tỏa sáng bầu trời Việt Nam.
• Minh triết “ Tuyết quốc sĩ ”: Lo nghĩ về vận nước, thấy sỉ nhục, muốn rửa sạch nỗi nhục nô lệ, dân lầm than, yếu hèn, lạc hậu.
“ Hóa dân cường quốc ”: Muốn chuyển hóa quốc gia, làm cho dân tộc tiến hóa, phải đổi mới tư cách của người dân bằng sự học cha ông, học quốc tế. Một nền kinh tế dân chủ, bình đẳng mọi thành phần, coi trọng luật pháp, nông, công, thương, khoa học, mở cửa… thì dân mạnh, nước cường.
• Minh triết “ Chủ nghĩa mở trí khôn cho nhân dân ”: Giáo dục là giải pháp hàng đầu. Giáo dục phổ cập. Dân cả nước không người nào là không đi học. Học cái gì? Học ba điều. Một là học vệ sinh, làm cho thân thể khỏe mạnh, ăn sạch, uống sạch, ở sạch, môi trường sạch, hít thở bầu không khí sạch. Hai là học trị sinh, tức là học cách làm ra thức ăn, đồ mặc và quản lý sản nghiệp. Ba là học làm người. Tức là học cách sống chung với nhau trong nhà, ngoài xã hội, giữ đạo làm người, không đánh mất nhân tính, tôn trọng tự do cá nhân, bình đẳng, biết yêu thương, chia sẻ…
Muốn vậy phải bỏ lối học để lấy bằng cấp rởm, để lên chức thăng quan, đề cao một phương pháp học văn minh, khoa học, thiết thực với con người: “Thầy giáo đặt đề để mà hỏi, cho phép học trò bàn tha hồ, đối đáp tự do, không phải nề hà, không cần thể cách gì hết ”.
• Minh triết “ Chấn hưng công nghệ ”: Xây dựng nền kinh tế tự chủ, tự lực, tự cường, theo tư bản phương Tây. Sản nghiệp là của riêng. Coi trọng nhà doanh nghiệp: “ Người giàu bỏ vốn ra phát triển công nghiệp thì dân ta sẽ cảm kích, xưng tụng, sao lại sinh lòng đố kỵ? ”.bi
• Minh triết “ Chính phủ chỉ là người trong quốc dân nắm chính quyền”.
Tư tưởng lớn của Đông Kinh Nghĩa thục là Chủ nghĩa dân bản Việt Nam. Khai dân trí - Chấn hưng dân khí - Hậu dân sinh. Cụ Nguyễn Hữu Cầu nói với học trò trước lúc mất: “Chính bằng nghệ thuật và khoa học mà các dân tộc trường tồn. Phải làm sao thông qua nghiên cứu ngôn ngữ mà nghiên cứu dân tộc và làm sao in đậm trong tâm hồn tính cách hoàn toàn Việt Nam".
Nhìn chung, Đông Kinh Nghĩa Thục chỉ hoạt động được gần 9 tháng ( từ tháng 03.1907 đến tháng 12.1907 ). Mặc dù thất bại, Đông Kinh Nghĩa Thục đã góp phần thức tỉnh lòng yêu nước của nhân dân ta hồi đó, bước đầu tấn công hệ tư tưởng phong kiến, mở đường cho tư tưởng mới – tức tư tưởng tư sản – trên cơ sở đó đã góp phần chuẩn bị về mặt tinh thần cho các phong trào đấu tranh rộng lớn hơn sau đó. Những kinh nghiệm hoạt động phong phú đa dạng của Đông Kinh Nghĩa Thục và của phong trào ở các tỉnh đã được các phong trào yêu nước ở giai đoạn sau kế thừa và phát huy, làm phong phú thêm nội dung cũng như phương pháp đấu tranh.