Triều Lê Trung hưng và cục diện Nam - Bắc triều
Mạc Đăng Dung giành được ngôi vua nhưng lực lượng ủng hộ nhà Lê còn rất mạnh. Ngay từ năm 1530, một hoàng tộc nhà Lê là Lê Ý cùng với một số bộ tướng đã dấy binh ở Thanh Hoá. Lực lượng này phát triển nhanh chóng, có lúc lên tới vài vạn người. Cuộc chiến kéo dài gần một năm. Mặc dù cuộc nổi dậy bị thất bại nhưng lực lượng của nhà Mạc cũng bị tổn thất nặng nề.
Năm 1531, nhóm cựu thần nhà Lê do Lê Công Uyên cầm đầu, sau khi tổ chức tấn công vào Thăng Long không thành ( năm 1528 ) phải chạy vào đất Thanh Hoá, đã chiêu tập một đội quân ô hợp tự xưng là quân nhà Lê,kéo nhau đi chiếm cứ các quận, huyện. Quân Lê Uyên đi đến đâu thường bắt người, cướp của, đốt phá nhà cửa , khiến cho dân chúng vô cùng khổ cực. Khi bị quân nhà Mạc tấn công, đội quân này bị tan rã và thất bại nhanh chóng.
Trong khi nhà Mạc đang phải đối phó với các cuộc nổi dậy chống đối trong nước, An Thành hầu Nguyễn Kim, vốn là Thanh Hoa hữu vệ Điện tiền tướng quân dưới triều Lê, được sự giúp đỡ của vua Ai Lao, đã bí mật xây dựng lực lượng ở Sầm Châu (nay là tỉnh Sầm Nữa của Lào). Năm 1533, Nguyễn Kim cho đón Lê Duy Ninh sang Ai Lao, tôn lên làm vua, lập lại triều Lê.
Từ khi có danh nghĩa chính thống, Nguyễn Kim đã quy tụ được hầu hết các lực lượng cựu thần nhà Lê. Thế lực Nguyễn Kim ngày càng mạnh lên. Trong khi đó sự kiểm soát của nhà Mạc từ Thanh Hóa trở vào nam rất yếu. Năm 1537, một viên tướng được giao quản lĩnh 7 huyện của Thanh Hóa là Lê Phi Thừa đem quân chạy sang Ai Lao đầu hàng nhà Lê. Nhân cơ hội đó, từ năm 1539 đến năm 1543, quân nhà Lê từ Ai Lao đã mở các cuộc tấn công về Nghệ An và Thanh Hoá. Quân nhà Mạc thất bại liên tiếp.
Cuối năm 1543, nhà Lê chiếm được Tây Đô. Thanh Hoá, Nghệ An trở thành vùng đất đứng chân của vua Lê. Từ thời điểm đó, trên đất nước cùng tồn tại hai vương triều: Mạc và Lê. Hai thế lực tranh chấp nhau khiến cho đất nước lâm vào cảnh huynh đệ tương tàn. Về danh nghĩa triều Lê đã được phục hồi, nhưng ngay từ những ngày đầu người nắm thực quyền điều hành mọi công việc là Thái sư Nguyễn Kim. Năm 1545, Nguyễn Kim bị một hàng tướng nhà Mạc đầu độc. Người thay thế vị trí Nguyên Kim tiếp tục cuộc chiến tranh với nhà Mạc là Trịnh Kiểm. Từ đây họ Trịnh kế tục nhau nắm quyền chi phối triều Lê. Năm 1546, sau khi đã làm chủ được cả một vùng rộng lớn từ Thanh- Nghệ trở vào Nam, Trịnh Kiểm cho xây dựng thành quách, lập cung điện, tổ chức quan lại như một triều đình thực sự. Để phân biệt, sử sách thường gọi triều Mạc đóng đô ở Thăng Long là Bắc triều và triều Lê Trung hưng ở Thanh Hóa là Nam triều.
Cuộc nội chiến Nam- Bắc triều kéo dài gần 50 năm với gần 40 trận chiến lớn nhỏ có thể chia thành 3 giai đoạn chính :
+ Từ năm 1545 - 1569 là giai đoạn Nam triều giành thế chủ động, liên tục tấn công ra Bắc. Lợi dụng tình trạng lục đục trong nội bộ triều Mạc, quân Trịnh đã tổ chức 11 lần xuất quân đánh phá các trận vùng đồng bằng Bắc Bộ, trong đó nơi thường xuyên phải chịu cảnh binh lửa là trấn Sơn Nam. Trong giai đoạn này quân nhà Mạc cũng mở được 4 lần tấn công vào Thanh Hoá, nhưng kết cục không bên nào giành được thắng lợi quyết định.
+ Từ 1570 - 1583 là giai đoạn quân Mạc phản công. Sau khi Trịnh Kiểm qua đời, nội bộ Nam triều phát sinh mâu thuẫn. Trong lúc hai anh em Trịnh Cối và Trịnh Tùng đánh giết nhau, Mạc Kính Điển đã huy động 10 vạn quân với 700 chiến thuyền vượt biển đánh vào Thanh Hoá. Trịnh Cối cùng với 2 vạn quân buộc phải đầu hàng.Bộ phận còn lại của Nam triều do Trịnh Tùng chỉ huy rút chạy lên vùng thượng lưu sông Chu, sông Mã để cố thủ. Sau 8 tháng tiến công nhưng không tiêu diệt được quân Trịnh, cuối năm ấy quân Mạc phải rút về Thăng Long.Liên tục trong các năm sau, Bắc triều đã tiến hành 12 cuộc tấn công lớn nhỏ vào Thanh Hóa, Nghệ An và Thuận Hóa nhưng cuối cùng đều phải rút lui. Với những nỗ lực cao nhất nhằm đè bẹp lực lượng của Nam triều, trong vòng hơn 10 năm, nhà Mạc đã điều động gần như cạn kiệt tiềm lực của mình cho chiến tranh.
+ Từ 1583 - 1592 là giai đoạn suy sụp của nhà Mạc. Quân Trịnh giành lại thế chủ động tấn công chiếm lại được Thăng Long. Vốn đã để mất lòng dân và đội ngũ quan lại vì chính sách đối ngoại thỏa hiệp, lại tiêu phí quá lớn sức người sức của vào các cuộc chiến tranh phe phái, từ những năm 80 nhà Mạc bắt đầu suy yếu. Quan quân chán nản, lòng người ly tán. Nhiều người bỏ việc về quê. Có người chạy sang đầu hàng Nam triều. Không đủ sức mở các cuộc tấn công lớn như giai đoạn trước, năm 1585, Mạc Mậu Hợp tập trung xây dựng thành lũy để phòng thủ.
Trong bối cảnh đó, lực lượng Nam triều được củng cố lại đã liên tục giành được những thắng lợi quan trọng. Cuối năm 1591, Trịnh Tùng điều động 6 vạn quân chia làm 5 đạo theo đường phía tây tiến ra Bắc. Để đối phó lại, nhà Mạc cũng đã huy động một lực lượng tới 10 vạn quân. Một trận quyết chiến giữa hai bên đã diễn ra ở Sơn Tây. Trong trận này quân Mạc đại bại, thương vong tới 1 vạn người. Thừa thắng, Trịnh Tùng cho quân áp sát thành Thăng Long, " đốt phá nhà cửa, khói lửa ngợp trời " để uy hiếp.
Năm 1592, quân Nam triều mở cuộc tấn công quyết định vào Thăng Long. Trịnh Tùng giành toàn thắng. Cục diện chiến tranh Nam- Bắc triều về cơ bản đã kết thúc, nhưng con cháu nhà Mạc cùng một số tướng tá và tàn quân bỏ chạy lên Cao Bằng hoạt động cho đến tận năm 1677 mới chấm dứt hoàn toàn.
Năm 1592, Trịnh Tùng xưng vương và xây dựng Vương phủ (phủ Chúa) bên cạnh triều đình nhà Lê. Từ đó, hình thành cục diện một chế độ với hai chính quyền. Vua Lê chỉ tồn tại trên danh nghĩa còn mọi quyền hành trong nước đều do chúa Trịnh quyết định.
Nguồn: Tiến trình Lịch Sử Việt Nam – Nhà Xuất Bản Giáo Dục – Chủ biên PGS.TS Nguyễn Quang Ngọc. Tr 131 đến 137